Nominata come villaggio di pescatori nel 769 fu alleata nell'epoca dei Comuni a Milano, venne distrutta dai comaschi nel 1126. Accolse gli esuli dall'Isola Comacina, che subì simil sorte nel 1169: venne devastata, il suo castello e le sue chiese distrutte.

Il quartiere dove si rifugiarono venne chiamato Insula nova, nome che poi venne esteso all'intero borgo, che in poco tempo divenne uno dei più ricchi del lago.

Ancora oggi ogni anno si celebra l'esodo dei comacini e l'accoglienza dei varennaschi. il sabato e la domenica della settimana in cui cade il 24 giugno, festa di San Giovanni. Il lago viene illuminato a giorno con migliaia di lumaghitt, lumini galleggianti abbandonati sulle acque, come a ricordare le anime derelitte che navigarono da una sponda all'altra, scappando dalle proprie case in fiamme.

I famosi artigiani chiamati Maestri Comacini sono i discendenti di questa gente.

Per quanto faccia parte dell'arcidiocesi di Milano, Varenna è di rito romano anziché ambrosiano.